市交投集團總部內設“十部二室”，即：黨群工作部、紀檢監察部、辦公室、人力資源部、法律事務部、財務管理部、企業管理部、安全監管部、運營管理部、戰略發展部、建設管理部和工會辦公室，將打造成為整個集團的決策中心、投資中心、管控中心；轄下14家全資（控股）子公司（含1家上市公司）
【內設部室】
黨群工作部。負責集團系統的黨建黨務（含意識形態）、精神文明、扶貧攻堅、員工的思想政治工作和企業文化工作，聯系群團工作。
紀檢監察部。負責集團內部審計業務及內部風險控制體系建設，負責紀律檢查與行政監察等相關工作。
辦公室。主要負責集團公司公文處理、文秘工作、會務安排、督查督導、媒體宣傳、輿情監督、綜治維穩、檔案管理、保密管理、證照印章管理、后勤接待、固定資產管理、保衛管理等行政事務。
人力資源部。主要負責制定集團整體人力資源管理方針、政策，負責集團公司人力資源管理工作，并對下屬企業人力資源管理工作進行監督和提供指導。
法律事務部。負責集團法律事務。
財務管理部。負責集團系統全面預算管理、財務會計管理、資金管理以及集團系統資產（包括土地、房屋、路產、設備等）的核算。
企業管理部。主要負責集團機構設置，制度管理，基礎經營事務管理，組織機構考評管理，招標采購管理，交通運營業務管理，以及信息化建設管理。
安全監管部。負責集團系統安全生產(含職業健康，下同）監督管理和指導工作，在集團內部行使安全生產綜合監督職能；負責統籌、協調集團系統的應急處置工作，協助上級應急管理部門開展突發事件應急救援工作。
運營管理部。負責集團系統高速公路、軌道、公汽、水運、城市一卡通、駕考服務、停車服務等公共交通服務類業務的運營管理工作；協調推進交通運營一體化和公共服務規范化、標準化、信息化；統籌協調集團系統客服工作。
戰略發展部。負責編制集團系統的戰略發展規劃，對全集團各類戰略規劃實施監控與評價，組織開展戰略規劃性課題研究和行業政策研究；負責發現與篩選投資機會，實施項目可行研究，推進項目落地及開展投資評估，統籌管理下屬企業重大投資項目；負責集團公司、下屬企業的改革改制。
建設管理部。負責統籌、指導、協調、監督集團系統工程項目的規劃、建設、驗收、移交等工作；負責開展工程項目建設實施過程的檢查、督導和考核等相關工作。
工會辦公室。主要負責職工權益保護和民主監督等工會相關工作。